研究院资料室所藏图书资料非常丰富，设有日本早稻田大学文库、成城大学文库、集英社文库等，拥有日文原版图书50000余册、阿语原版图书3000余册，居国内同类机构前列。
研究院资料室的藏书由如下几个文库与大量中日文藏书构成：
1、梅泽文库
在杭州大学日本文化研究所草创时期，接受日本梅泽伊势三 教授教授捐赠书籍。因为资金匮乏，由王勇、王宝平以及在日留学生回国时分批带回，构成资料室最早的一批成套日文藏书。
2、早稻田大学文库
于2006年9月接受日本早稻田大学附属图书馆人文社科类原版日文赠书28376册。
3、成城大学文库
于2005年10月与2010年12月分别接受日本成城大学文学类赠书4983册。
4、集英社文库
成立于2006年1月，内容包括该出版社出版的小说，以及每月定期出版的漫画（包括少年JUMP）与时尚杂志。
5、小熊诚文库
2025年11月，日本神奈川大学历史民俗学研究科名誉教授、神奈川大学前校长、日本民俗学会前会长小熊诚教授向浙江工商大学东方语言与哲学学院、东亚研究院图书室捐赠民俗学、文化人类学、社会学等学科的著作，及日本的学术期刊等原版图书2000余册。
另外，资料室还每月接受日本国际交流课基金每月寄赠的日本杂志（漫画、时尚、生活），以及日本国会图书馆、神奈川大学以及其他日本大学寄赠的学术类书籍刊物。